Река Большой Кыл берёт начало в горах Южного Урала на высоте около 900 м над уровнем моря. Является основной водной артерией, питающей озеро Зюраткуль. Протекает по Челябинской области по территории Национального парка «Зюраткуль».
Долина реки представляет собой уникальный ботанический и ландшафтный комплекс влажных субальпийских лугов (так называемые Немецкие степи), заболоченных лесов, верховых и переходных болот, расположенных по всей протяжённости русла от подножий гор Свиридиха и Уреньга до озера Зюраткуль.